«Медицинский академический журнал» издается с 2001 г. и является официальным изданием Российской академии наук на Северо-Западе Европейской части страны. Организатором и главным редактором в 2001-2009 гг. был академик РАМН Борис Иванович Ткаченко, внесший неоценимый вклад в развитие журнала. Заместителями главного редактора были академик РАМН В.А. Нагорнев и член-корреспондент РАМН И.П. Дуданов, ответственным секретарем – член-корреспондент РАМН Н.С. Сапронов.
В сентябре 2009 года главным редактором журнала становится член-корреспондент РАМН И.П. Дуданов, заместителем главного редактора член-корреспондент РАМН Н.С. Сапронов, ответственным секретарем – профессор П.Д. Шабанов.
Высокий научный уровень и широкое признание специалистов в период становления и развития журналу обеспечивали выдающиеся ученые: Э. К. Айламазян— академик РАН, Н.А. Беляков – академик РАН, И.А. Ерюхин— член-корреспондент РАН, Ю.Д. Игнатов— академик РАН, С.А. Кетлинский— член-корреспондент РАН, Ю.В. Лобзин— академик РАН, В.И. Мазуров— академик РАН, Н.А. Майстренко— академик РАН, М.М. Одинак — член-корреспондент РАН, Е.А. Селиванов — член-корреспондент РАН, С.А. Симбирцев — член-корреспондент РАН, Тотолян А. А. — академик РАН.
С января 2010 года и по настоящее время главным редактором журнала является академик РАН Г.А. Софронов. С 2012 г. заместителем главного редактора - академик РАН Н.А. Беляков, ответственным секретарем – доктор биологических наук А.В. Дмитриев. В состав редакционной коллегии и редакционного совета вошли видные ученые, представляющие Северо-Запад России и известные научные школы Санкт-Петербурга.
Журнал включен в перечень рецензируемых изданий, рекомендованных ВАК.
С 2012 г. по 2017 г. журнал выпускался издательством «Балтийский медицинский образовательный центр». С 2018 г. и по настоящее время – ООО «Эко-Вектор».
В настоящее время заместителями главного редактора являются академик РАН Н.А. Беляков, доктор биологических наук, профессор РАН А.В. Дмитриев, ответственным секретарем – доктор биологических наук А.В. Соколов.