Журнал был основан в 1994 году в Пермском государственном университете (ПГУ) и назывался "Вестник Пермского университета", в котором могли опубликовать свои работы ученые университета из разных отраслей наук.  Издание началось по инициативе проректора ПГУ по научной работе Бориса Михайловича Осовецкого. С 2003 года научный журнал "Вестник Пермского университета" перестал носить общий характер, и каждый факультет начал издавать свой собственный, узкопрофильный журнал. Так, механико-математический факультет трансформировал журнал в издание под названием "Вестник Пермского университета. Серия: Математика. Механика. Информатика", с 2007 года  – "Вестник Пермского университета. Математика. Механика. Информатика".